Existindo primeiramente como Núcleo de Arte Contemporânea, foi entendido como uma extensão do Museu Quinta das Cruzes. Funcionando inicialmente, em sede provisória organizada pela Direcção Regional dos Assuntos Culturais e, posteriormente, apresentado publicamente, já nos anos oitenta, como Núcleo de Arte Contemporânea na Quinta Magnólia, em duas salas cedidas para o efeito.
Só com a entrega da Fortaleza de São Tiago à Região Autónoma da Madeira, em 1992, e a transladação das obras que constituíam o Núcleo de Arte Contemporânea para a Fortaleza, passará o futuro museu, a ter casa própria.
Com a instalação da colecção de Arte Contemporânea em São Tiag

A colecção de Arte Contemporânea Portuguesa do actual MAC é essencialmente constituída por obras adquiridas a galerias de arte ou aos próprios autores, juntando-se a este núcleo as doações provenientes das exposições da extinta Galeria da Secretaria Regional de Turismo e Cultura e de particulares.
Presentemente, possui um espólio de aproximadamente 600 obras, repartidas entre o acervo activo da colecção e um núcleo dedicado à produção de âmbito regional. Do acervo MAC, fazem parte obras de artistas como Lourdes de Castro, René Bertholo, José de Guimarães, Ilda David, Jaime Lebre, José Loureiro, Jorge Martins, Michael Biberstein, Pedro Cabrita Reis, Manuel Baptista, Joaquim Rodrigo,

Actualmente o Museu vive de exposições temporárias, por vezes de parceria com outras instituições, ou dando visibilidade, através de exposições rotativas, aos artistas representados na sua colecção, incluindo os artistas locais.
Com esta politica, o MAC, pretende possibilitar ao público em geral um conhecimento mais vasto, não apenas da produção artística portuguesa mais recente, mas também, permitir uma maior visibilidade da própria colecção. São ainda prestados serviços à comunidade de âmbito pedagógico através da disponibilização ao público de um Serviço Educativo e de um Centro de Documentação Contemporânea.